Založiť Slovenské poľnohospodárske múzeum ako stánok roľníckej kultúry vyplynulo z rozhodnutia Zemědelskej rady pre Slovensko dňa 23.10.1922. Jej predsedníctvo prevzalo úlohu prípravného výboru a začalo získavať exponáty pre plánované expozície. V roku 1924 započalo s výstavbou účelovej budovy v Bratislave na Vajanského nábreží. V nej je dnes Slovenské národné múzeum. Výstavba bola dokončená v roku 1928. Na dvoch poschodiach bolo 3000 m2 expozičnej plochy, tri výstavné priestory pre príležitostné výstavy, hala na slávnostné príležitosti, pracovne laboratóriá, prednáškové a demonštračné priestory a depozitáre.
Muzeálnym expozíciám dali základ exponáty, ktoré boli vystavené ešte v stavebne nedokončenej budove v dňoch 21.8.-12.9.1927 na "Výstave slovenských žúp". Zbierkový fond múzea vytvárali poľnohospodárske školy a spoločnosti. Štátne výskumné ústavy zemědelské, Zemědelská rada a závody, vyhotovovali pre expozície preparáty, modely, vzorky diorámy, ktoré dokumentovali súčasné poľnohospodárstvo. Moderne riešené expozície boli za účasti najvyšších predstaviteľov verejného a politického života 4. mája 1936 verejnosti slávnostne otvorené. Priebeh otvorenia bol zároveň prvou naživo vysielanou reláciou v rozhlase.

Cieľom poľnohospodárske múzea bolo ukázať roľníctvu stav poľnohospodárstva na Slovensku v minulosti, oboznámiť ho so súčasným stavom a poukázať na cesty, ako dosiahnuť v našich podmienkach úroveň moderného poľnohospodárstva. Teda povinnosť plniť úlohu poľnohospodárskej osvety a názorového vzdelávania roľníckeho ľudu, čo vyplývalo zo všeobecného nedostatku rozvoja poľnohospodárskeho školstva. Koncepciu a stvárnenie expozícií vysoko hodnotili nielen domáci ale aj zahraničný návštevníci múzea.

Úspešnú činnosť múzea narušili v roku 1938 politické a neskôr aj nasledujúce vojnové udalosti. Na základe výnosu Predsedníctva slovenskej vlády z 5.1.1939 hrozilo múzeu vysťahovanie do Martina alebo Ružomberka. Toto nebezpečenstvo sa podarilo odvrátiť vytvorením Slovenského múzea ako reprezentačného múzejného stánku mladého štátu integráciou s Vlastivedným múzeom a lesníckym múzeom. Stalo sa tak 12. Júna 1940. Stanovy nového integrovaného múzea potvrdilo Ministerstvo vnútra 10.8.1940.

Daň za integráciu bola pre poľnohospodárske múzeum krutá. Poľnohospodárstvo bolo redukované do jedného odboru s lesníctvom, tri odbory zaujala vlastivedná problematika a piaty technicky novovytvorený odbor tiež nebol poľnohospodársky. Najviac, takmer polovicu výstavných a pracovných priestorov muzeálnej budovy, zaujalo Ministerstvo zahraničia. Letecký útok na Bratislavu 16. júna 1944 poškodil budovu múzea a tesne pred oslobodením ho ustupujúce fašistické vojská podpálili. Bola zničená takmer celá budova, 1026 poľnohospodárskych a 1273 lesnícko-poľovníckych exponátov. V rokoch 1948-1951 ťažko inštalované poľnohospodárske expozície sa v roku 1954 demontovali z titulu zmeny náplne múzea na vlastivedný, čím poľnohospodárske múzejníctvo na Slovensku právne i fakticky prestalo existovať.

Múzeum zhromažďuje doklady vzniku poľnohospodárstva, k získavaniu pôdy, jej obrábaniu, obnovovaniu úrodnosti, tvorby chotára, roľníckych usadlostí, roľníckych sídiel, k pestovaniu a zberu plodín, k chovu zvierat, skladovaniu a spracovaniu produktov, k vývoju náradia a strojov, k stravovaniu, odievaniu, zvykom, kultúrnemu a duchovnému životu roľníctva, k poľnohospodárskej osvete, vzdelaniu, školstvu, vede a výskumu. Súbor dokladov predstavuje niekoľko desiatok tisíc jednotiek. 4 časť z nich predstavilo verejnosti v bývalých expozíciách "Praveké poľnohospodárstvo, "Chov zvierat", "Pestovanie obilnín", "Vinohradníctvo" a "Chov včiel". Plochy expozícií boli 600 m2. Tieto expozície boli vrátením objektov z titulu reštitučného zákona pôvodným majiteľom demontované. V novoupravených priestoroch po roku 1989 pripravilo múzeum na ploche 2.910 m2 expozície „Poľnohospodárstvo v praveku“, „Poľnohospodárske letectvo“, „Poľnohospodárske motívy v starom umení“, „Vývoj pečenia chleba“ a „Pásli ovce valasi".

Výstavy umožňujú prezentovať pred verejnosťou tematiky, ktoré múzeum nemá expozične spracované. Ich pestrosť a výpovednosť si uchováva stálu pozornosť návštevníkov. Na rôzne témy pripravilo múzeum 76 vlastných výstav. V zahraničí vystavovalo múzeum svoje zbierky vo Francúzsku, Maďarsku a Taliansku. Na svojom teritóriu predstavilo zbierky z 12 slovenských múzeí a deviatich zahraničných múzeí.

Novou formou dokumentácie a interpretácie dejín poľnohospodárstva je skanzen, ktorý je súčasťou múzea. Základný kameň bol postavený 6.9. 1982, úpravy terénu sa vykonali v nasledujúcom roku. Prvé objekty boli postavené v roku 1984. Zo 114 výrobných objektov je doteraz postavených 35. Výber tvoria objekty archeologických osád, technicko-technologické objekty (pekáreň, olejárne, mlyny ai.), skladové objekty, objekty živočíšnej výroby, roľnícke domy, spoločenské objekty, veľkostatok, drobné stavby, dopravné cesty, komunikácie, železnica a plochy drevín, kríkov a rastlín. Objekty sú funkčné a návštevník má možnosť sledovať s pôvodnou technikou a technológiou vykonávané úkony a výrobu produktov. Súčasný systém predstavenia zbierok priláka do múzea ročne okolo 250 tisíc návštevníkov.
V spolupráci so Slovenskou poľnohospodárskou univerzitou zakladá na teritóriu skanzenu génovú banku pôvodných druhov poľnohospodárskych rastlín, krov a drevín z rôznych oblastí Slovenska.
Aktívne spolupracuje s mnohými inštitúciami, podnikmi a spoločnosťami. V rámci Spoločnosti pre dejiny vied a techniky združuje záujemcov o dejiny poľnohospodárstva. Múzeum je zakladajúcim členom svetovej asociácie poľnohospodárskych múzeí AIMA. V roku 1995 organizovalo medzinárodnú konferenciu v Nitre, na ktorej sa zúčastnilo vyše 80 pracovníkov poľnohospodárskych múzeí a historikov poľnohospodárstva z 34 štátov svete.

Poslanie múzea napĺňať čašu poznania dejín poľnohospodárstva ako nášho kultúrneho dedičstva napriek mnohým ranám osudu sa úspešne vyplňuje. Potvrdzuje myšlienku z „Ohlasu“ ..., že poznať minulosť, to jest poznať seba samých, znamená budovať budúcnosť.